La micro-forêt est un mini-écosystème végétal inspiré des travaux d’Akira Miyawaki, un botaniste japonais spécialisé en écologie végétale. Il fonctionne sur les principes d’une forêt naturelle et autonome, en perpétuelle évolution. La plantation est de forte densité (environ 4 plants par m2) en laissant une bande d'un mètre permettant à la fois de dynamiser la pousse et de favoriser, par la coopération entre les espèces, un écosystème plus résilient par rapport aux maladies et à la chaleur (ombre partagée des végétaux). Le sol est amélioré par une épaisse couche de mulch de feuillus sur le dessus. La densité de plantation favorise la croissance des végétaux et permet, par la compétition entre les espèces, la sélection naturelle des essences. À moyen terme, les relations de coopération entre les espèces offrent un écosystème plus résistant face aux maladies et à la chaleur.

Plusieurs strates de végétation sont représentées : 5 essences d'arbres de grand développement, 12 arbres de petit développement, 7 essences d'arbustes, et l'ensemble a été complété par des vivaces sur les pourtours des plantations (semences végétal local). Les 26 essences choisies sont celles d'une forêt calcicole comme il en existe dans l'Entre-deux-mers, avec des chênes (rouvre et chevelu), quelques érables, mais aussi des fruitiers sauvages (pommiers, poiriers, sorbiers, prunus). Les 59 espèces différentes de graines qui ont été semées sont 100 % locales. Cette hétérogénéité d'espèces offre aussi une grande diversité dans la faune qui fréquente l'espace. Le jardin botanique de Bordeaux a participé au choix des espèces.